雨が直接あたったりなどして多量の水分が含まれ、ずっと水分が抜けない場合と、高湿度に部屋の空気が全く流動しない場合の２点の時に無垢材にもカビが発生することがあります。 しかし、腐朽同様、日常の湿度で流動的な空気がある空間ではカビが発生する事はありません。また、昔から木の種類によっては抗菌、殺菌作用が働いていることが確認されています。また、カーペットから木質のフロアーやフローリングに変えてダニが減るというような事実も確認されており、むしろカビやダニには対して無垢材は効果的です。